公司被收购时员工持股存在一些特殊情况，可能影响处理结果：
1. 员工持股涉及股权激励计划：若员工持股是公司的股权激励（如限制性股票、期权），需符合《上市公司股权激励管理办法》等规定。若收购时股权激励尚未解锁，收购方可能要求终止计划或调整行权条件，导致员工无法获得预期权益。例如，上市公司被收购后，新管理层取消原股权激励计划，员工已获授的期权无法行权。
2. 被收购公司为外资企业：若被收购方是外资企业，员工持股需符合《外商投资法》及外汇管理规定。例如，外资企业员工持股需经商务部门审批，若未履行审批程序，收购时员工股权可能被认定为无效，无法参与收购对价分配。
3. 员工持股比例触发要约收购：若员工持股比例较高（如超过30%），收购方可能触发要约收购义务，需按法定程序向全体股东发出要约，员工可选择接受要约卖出股权或继续持股，但需遵守要约收购的相关规定，否则可能影响权益实现。
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公司被收购时员工持股常见的错误操作可能导致权益受损，以下为您列举：
1. 忽视持股协议条款：未仔细阅读持股协议中关于公司收购时股权处置的约定（如优先回购权、转让限制），导致收购时无法主张合法权益，例如协议约定公司收购时原股东需强制转让股权，员工未提前知晓而错失谈判机会。
2. 盲目签署放弃权益文件：在收购方的压力下，未咨询专业人士就签署股权转让同意书或放弃分红权的文件，导致自身股权被低价收购或权益被剥夺。
3. 未及时主张股东权利：收购过程中未主动参与股东会或表决程序，对收购方案中涉及员工持股的条款未提出异议，事后发现权益受损时已错过救济时机。

若您已出现上述错误操作或担心权益受损，建议尽快向律师咨询，避免损失扩大。
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公司被收购时员工持股可能存在以下法律风险，需引起重视：
1. 股权代持效力风险：若员工通过个人代持而非工会或正规平台持股，可能因代持协议无效导致权益无法保障。例如，员工与代持人未签订书面协议，收购时代持人否认代持关系，员工无法证明自己的实际出资人身份，最终无法获得股权对价。
2. 收购方恶意稀释股权风险：收购方可能通过增资扩股等方式稀释员工持股比例，降低员工在公司的话语权。例如，收购方以“优化股权结构”为由大幅增资，员工未及时行使优先认购权，导致持股比例从10%降至2%，分红及表决权利显著受损。
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针对公司被收购时员工持股的合法性，可依据《公司法》《工会法》等法律法规进行分析：
根据《公司法》第32条，股东名册应记载股东姓名/名称、出资额等事项，记载于股东名册的股东可主张行使股东权利；第71条规定有限责任公司股权转让需经其他股东过半数同意。若员工持股已依法登记于股东名册或签署合法代持协议，属《公司法》认可的股东或实际出资人，收购时持股合法。

若涉及工会代持员工股份，《工会法》第47条规定工会经费和财产受法律保护，工会作为社团法人可依法持有公司股份，但需符合《公司法》关于股东主体的规定。如工会已取得法人资格并作为股东记载于公司章程，员工通过工会持股合法。综上，员工持股只要符合上述法律规定的程序和条件，在公司被收购时即合法。

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